Το Εργαστήριο Νεότερης και Σύγχρονης Ιστορίας συνεργάζεται με άλλα ερευνητικά κέντρα τα οποία επικεντρώνονται στην έρευνα νέων επιστημόνων στις ανθρωπιστικές επιστήμες. Συνεργάζεται με το Κέντρο Έρευνας Ανθρωπιστικών Επιστημών προβάλλοντας τις δραστηριότητες και την παραγόμενη έρευνα. Συνεργάζεται επίσης με την Εταιρεία Mελέτης Ιστοριογραφίας και Θεωρίας της Ιστορίας και το διεθνές περιοδικό Historein. Με τις συνεργασίες αυτές σκοπεύει να συνδέσει την έρευνα των ιστορικών του Τμήματός μας και την έρευνα των μεταπτυχιακών φοιτητών και υποψηφίων διδακτόρων με μεγαλύτερα ερευνητικά κέντρα πανελλήνιας και διεθνούς εμβέλειας.